A história da realização dos actos eleitorais em São Tomé e Príncipe, coincide com a própria história política do país, pois ela deve ser subdividida em três partes à saber:

A primeira fase é marcada pela nomeação do Sr. Raúl Wagner da Conceição em 9 de Fevereiro de 1980 para exercer funções de Presidente da Comissão organizadora das eleições no interior do partido MLSTP. Esta presidência foi substituída em 8 de Fevereiro de 1983 pelo Sr. Gaspar Ramos e finalmente em 17 de Julho de 1985, pelo Sr. Romão Pereira de Couto.

Na fase, considerada de transitória, a missão principal consistia em realizar o Referendo de 1990.

A realização de actos eleitorais em STP pode ser dividida em duas fases essenciais, a saber: (i) – Fim do sistema político monopartidário que vigou em S. Tomé e Príncipe desde a independência em 12 de Julho de 1975 até a realização do Referendo de 1990, (ii) A realização de actos eleitorais a partir de 1991 até a presente data, já com o novo sistema político multipartidário, em conformidade com a Constituição de 1990, aprovada após o Referendo de 1990 que previa o novo sistema politico multipartidário.

Na primeira fase, considerada de transitória, a missão principal consistia em realizar o Referendo de 1990. Por isso, primeiramente foi instituída em 11/05/1990 uma Comissão Especial Nacional, composta por 6 membros efectivos e 3 suplentes, Presidida pelo Sr. Óscar Aguiar Sacramento Sousa, e os Senhores Pascoal Ayres Pires dos Santos e João Amílcar Viegas de Ceita, respectivamente, Vice-Presidente e Secretário. Coube a essa Comissão, a realização do primeiro recenseamento eleitoral, com base na Lei n.º 2/90 - Lei do Direito de Sufrágio e do Recenseamento Eleitoral, publicada em 14 de Maio de 1990. Para realização dos trabalhos foram criadas também as Comissões Eleitorais Distritais e Especiais.

Em 16/07/1990, com base na Lei n.º 03/90 – Lei Nacional do Referendo, foi instituída  a Comissão Nacional de Referendo (CNR), a quem competiu realizar o Referendo Nacional, composta por 10 membros efectivos e 2 suplentes, e foi Presidida pelo Sr.  Dr. Francisco Fortunato Pires, e os Senhores Evaristo do Espírito Santo Carvalho e Pascoal Ayres Pires dos Santos, respectivamente, Vice-Presidente e Secretário. Igualmente foram criadas as Comissões Distritais e Especiais do Referendo.

A segunda fase inicia-se após a realização do Referendo, com a aprovação da Lei n.º 12/90 – Lei das Comissões Eleitorais, de 26 de Novembro de 1990, que vigora até hoje, não obstante ter sido já objecto de três alterações.

A primeira Comissão Eleitoral Nacional foi criada em 18/12/1990, e vigorou até 1997, apoiada pelas Comissões Eleitorais Distritais e Especiais, e foi Presidida pelo Sr. António Manuel dos Santos Aguiar e tinha como Secretário o Sr. Pascoal Ayres Pires dos Santos. Essa Comissão realizou recenseamentos e as seguintes Eleições: (i) Legislativas de 20 de Janeiro de 1991, de 08 de Outubro de 1994 (ii) Presidenciais de 3 de Março de 1991, de 30 de Junho de 1996, (iii) Autárquicas de 6 de Dezembro de 1992, (iv) Eleições Regionais de 26 de Março de 1995.

Entre 1997/1998 vigorou  a segunda Comissão Eleitoral Nacional, apoiada pelas Comissões Eleitorais Distritais, e foi Presidida pelo Sr. Dr. Adelino Jorge José da Costa e tinha como Secretário o Sr. Pascoal Ayres Pires dos Santos. Importa referir que o Secretário não exerceu as suas funções até ao fim, tendo sido substituído, por uma decisão da Plenária da CEN, pelo membro Clementino de Barros da Gloria. Essa Comissão realizou recenseamentos e as Eleições Legislativas de 08 de Novembro de 1998.

A terceira Comissão Eleitoral Nacional vigorou entre os anos 2000 e 2003, apoiada pelas Comissões Eleitorais Distritais e Especiais, e foi Presidida pelo Sr. Dr. Fernando Silva Maquengo de Freita e tinha como Secretário o Sr. António Argentino Salvaterra dos Santos Daio. As Eleições Presidenciais de 29 de Agosto de 2001 e Legislativas de 03 de Março de 2002, foram conduzidas por essa Comissão.

Em 2003 foi empossada a quarta Comissão Eleitoral Nacional, que vigorou até 2006, apoiada igualmente pelas Comissões Eleitorais Distritais. Durante o período da sua vigência ela apenas realizou a actualização do recenseamento eleitoral e foi liderada pelo Dr. Manuel Silva Gomes Cravid e teve como Secretário o Sr. António Argentino Salvaterra dos Santos Daio.

A quinta Comissão Eleitoral Nacional, vigorou entre os anos 2006 e 2010, e teve como Presidente o Sr. Dr. José Carlos da Costa  Barreiro e o Sr. António Argentino Salvaterra dos Santos Daio como Secretário. Com o apoio das Comissões Eleitorais Distritais e Especiais. Esta Comissão realizou recenseamentos, inclusive o recenseamento de raiz em 2010, com recurso ao sistema biométrico, assim como as seguintes Eleições: (i) Legislativas de 26 de Março 2006, de 01 de Agosto de 2010 (ii) Presidenciais de 30 de Julho de 2006, (iii) Autárquicas e Regional de 27 de Agosto de 2006, de 25 de Julho de 2010.

A sexta Comissão Eleitoral Nacional foi empossada em 2011, igualmente apoiada pelas Comissões Eleitorais Distritais e Especiais, actualizou os recenseamentos eleitorais e realizou as Eleições Presidências de 17 de Julho de 2011 e as Eleições Legislativas, Autárquicas e Regional de 12 de Outubro de 2014.. Esta Comissão foi Presidida pelo Sr. Dr. Victor Manuel Neto Correia e o Sr. António Argentino Salvaterra dos Santos Daio, como Secretário.

Actualmente, ou seja, desde 23 Fevereiro de 2015, vigora a sétima Comissão Eleitoral Nacional, Presidida pelo Sr. Dr. Alberto Neto Pereira e o Sr. Melvim de Castro como Secretário.